La storia del territorio comunale risale nelle sue linee principali al medioevo. Brugnera, da PRUNARIA "luogo con molti pruni’’ ha una denominazione legata alla colonizzazione medioevale delle aree silvestri e incolte.
Trovandosi in uno dei passaggi sul Livenza che permettevano l’entrata in Friuli, su un’isola del fiume fu edificato un castello forse già prima del 1000. Verso il XII-XIII secolo, quando la documentazione si fa più ampia e sicura, Brugnera e le località contermini appartenevano ai Signori di Prata e Porcia, che estendevano i loro domini in una vasta zona del Friuli occidentale e del Trevisano orientale.

Avvocati delle Chiese di Concordia e Ceneda, membri di prim’ordine del Parlamento della Patria del Friuli, nobili fra i più potenti dell’epoca, poco prima del 1214 si divisero in due rami, spartendo il grande territorio in due distinte giurisdizioni che facevano capo ai castelli di Prata e Porcia.
Brugnera passò a Porcia e questo ordinamento amministrativo rimase fino alla fine del XVIII secolo (soppressione della Repubblica di Venezia e a livello locale inizio delle moderne municipalità sul modello rivoluzionario francese).

Dal punto di vista ecclesiale Brugnera faceva parte della pieve cenedese di S. Tiziano di Francenigo, divenendo autonoma nel tardo ’500.Nel XIV secolo i signori di Porcia concessero alla comunità di Brugnera propri Statuti, da cui risulta che la zona, oltre che caratterizzata da un’agricoltura che tendeva a svilupparsi fuori dai vincoli feudali, con la liberazione dalla servitù di masnada, era inserita nell’economia del tempo con altre attività.
Il commercio trovava scalo nel porto sul Livenza protetto dal castello, mentre un’industria tessile locale era protetta dai nobili purliliesi. All’interno delle mura che cingevano il centro di Brugnera (le cui porte furono definitivamente abbattute solo nel 1918), oltre al castello, trovavano spazio le abitazioni dei servi, dei notai, degli artigiani, dei pescatori (alla fine del ’400 si aggiunsero gli ebrei, che esercitavano la professione di banchieri).

L’originaria ubicazione del paese era stata cambiata dopo il 1220, spostando maniero e abitatori sulla sinistra del fiume Livenza. Trovandosi in una zona di confine, Brugnera fu infatti spesso al centro di cruenti fatti d’arme, saccheggi e devastazioni; i signori di Prata, che in relazione alla loro appartenenza al Patriarcato di Aquileia, dovettero lottare a lungo contro le mire espansionistiche del Comune di Treviso e di altri, che pretendevano di avere il castello sul Livenza e la zona di Francenigo e Gaiarine dipendenti dai Porcia.
Dopo una devastazione subita nel 1192, i trevisani distrussero Brugnera nel 1220. Il paese con le fortificazioni e la residenza signorile, fu ricostruito nell’attuale localizzazione, trovandosi coinvolto in altre azioni belliche: nel 1386 fu assediato da truppe udinesi, nell’ambito delle continue guerre civili che stavano insanguinando il Friuli.

Nel 1419-21 la Repubblica di Venezia conquistò militarmente lo Stato dei patriarchi di Aquileia, facendone un proprio dominio: ma nel 1418 i signori di Porcia, precedendo le azioni belliche, s’erano dati pacificamente ai veneziani, mantenendo così diritti e prerogative che conservarono fino all’età napoleonica.

Nei secoli dell’età moderna, segnati dalla sovranità del leone di San Marco, Brugnera conobbe le vicende che interessarono il resto del Friuli e il Veneto.
In campo sociale, si sviluppò notevolmente la proprietà terriera veneziana, con il formarsi di sontuose abitazioni, di cui la Villa Varda (ancorché rimaneggiata nello scorso secolo) è l’esempio meglio noto e conservato.

La cronaca registra invece fatti dirompenti come la rapida ma devastante incursione turca del 1499, quando la cavalleria al servizio dell’Impero ottomano si riversò nei villaggi che componevano la giurisdizione purliliese e brugnerese, razziando, bruciando, deportando e ammazzando. Fu un colpo anche all’economia rurale, perché andarono distrutti non solo i raccolti, ma le vigne e gli attrezzi agricoli. Fu invece risparmiato il centro di Brugnera, chiuso dalle turrite mura castellane e cuore pulsante non solo dell’amministrazione locale (ospitava la cancelleria, i notai, i servizi civili e religiosi) ma anche dell’economia artigianale e commerciale.